Эстрагон используется в свежем и сухом виде при приготовлении горячих блюд, маринадов, сладких газированных напитков («тархун»). При термической обработке термолабильные аллергенные белки эстрагона в большинстве своем распадаются, поэтому они менее опасны для людей с пищевой аллергией. Но в связи с тем, что эстрагон имеет перекрестную реактивность с пыльцой сорных трав, у людей с поллинозом в летний период при употреблении в пищу эстрагона в любом виде течение аллергии отягощается. Если при употреблении в пищу блюд с эстрагоном возникают аллергические реакции: отёк Квинке, крапивница и некоторые другие виды анафилаксии, рекомендуется провести анализ на определение уровня аллергенспецифических IgE к эстрагону. 
Анализ выполняется с помощью методики ImmunoCAP (Иммунофлюоресценция на трёхмерной пористой твёрдой фазе, Phadia 250, Phadia)